Со шкивами разобрался, купил вот такую проставку между флянцем помпы и мясорубкой
Точнул ее до 6мм, и поставил между флянцем и шкивом.
После этого двухручейковый шкив коленвала совпал с помпой, на гене тоже двухручейковый шкив, но совпадает один ручей, чего, впрочем, достаточно.
Завтра буду думать над кронштейном для насоса...